MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain E/12-94 genome

Total Repeats: 20379

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022108	ATG	2	6	1336	1341	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351364
2	NC_022108	GTG	2	6	1342	1347	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532351364
3	NC_022108	TCC	2	6	1351	1356	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532351364
4	NC_022108	AGC	2	6	1365	1370	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532351364
5	NC_022108	T	6	6	1384	1389	0 %	100 %	0 %	0 %	532351364
6	NC_022108	AGC	2	6	1392	1397	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532351364
7	NC_022108	AAG	2	6	1403	1408	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351364
8	NC_022108	TAC	2	6	1441	1446	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532351364
9	NC_022108	GCT	2	6	1451	1456	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351364
10	NC_022108	AGTA	2	8	1489	1496	50 %	25 %	25 %	0 %	532351364
11	NC_022108	AGA	2	6	1561	1566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351364
12	NC_022108	AGA	2	6	1817	1822	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351365
13	NC_022108	ATC	2	6	1824	1829	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532351365
14	NC_022108	TGC	2	6	1844	1849	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351365
15	NC_022108	ATGA	2	8	1893	1900	50 %	25 %	25 %	0 %	532351365
16	NC_022108	GATA	2	8	1931	1938	50 %	25 %	25 %	0 %	532351365
17	NC_022108	CAT	2	6	1968	1973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532351365
18	NC_022108	AGA	2	6	1997	2002	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351365
19	NC_022108	AAG	2	6	2026	2031	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351365
20	NC_022108	GGA	2	6	2061	2066	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532351365
21	NC_022108	AG	3	6	2153	2158	50 %	0 %	50 %	0 %	532351366
22	NC_022108	ATC	2	6	2190	2195	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532351366
23	NC_022108	TTTC	2	8	2228	2235	0 %	75 %	0 %	25 %	532351366
24	NC_022108	ATA	2	6	2340	2345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532351366
25	NC_022108	AAC	2	6	2365	2370	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	532351366
26	NC_022108	GGT	2	6	2419	2424	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532351366
27	NC_022108	AAT	2	6	2525	2530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532351366
28	NC_022108	TTC	2	6	2560	2565	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532351366
29	NC_022108	GCA	2	6	2579	2584	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532351366
30	NC_022108	GGA	2	6	2627	2632	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532351366
31	NC_022108	CAG	2	6	2646	2651	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532351366
32	NC_022108	GTT	2	6	2663	2668	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532351366
33	NC_022108	GGT	2	6	2755	2760	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532351366
34	NC_022108	GA	3	6	2821	2826	50 %	0 %	50 %	0 %	532351366
35	NC_022108	T	6	6	2828	2833	0 %	100 %	0 %	0 %	532351366
36	NC_022108	AAG	2	6	2913	2918	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351366
37	NC_022108	ATT	2	6	2975	2980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532351366
38	NC_022108	TTG	2	6	3027	3032	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532351366
39	NC_022108	CATG	2	8	3109	3116	25 %	25 %	25 %	25 %	532351366
40	NC_022108	AAG	2	6	3138	3143	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351366
41	NC_022108	AAG	2	6	3153	3158	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351366
42	NC_022108	CAG	2	6	3195	3200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532351366
43	NC_022108	GCT	2	6	3266	3271	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351366
44	NC_022108	TGTGA	2	10	3281	3290	20 %	40 %	40 %	0 %	532351366
45	NC_022108	TTCC	2	8	3414	3421	0 %	50 %	0 %	50 %	532351366
46	NC_022108	AAG	2	6	3432	3437	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351366
47	NC_022108	CAG	2	6	3482	3487	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532351366
48	NC_022108	GGA	2	6	3569	3574	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532351366
49	NC_022108	AAT	2	6	3579	3584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	532351366
50	NC_022108	TTGAA	2	10	3637	3646	40 %	40 %	20 %	0 %	532351367
51	NC_022108	ATT	2	6	3659	3664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532351367
52	NC_022108	TGA	2	6	3689	3694	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351367
53	NC_022108	TTTA	2	8	3812	3819	25 %	75 %	0 %	0 %	532351367
54	NC_022108	GTA	2	6	3921	3926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351367
55	NC_022108	GAGAA	2	10	3931	3940	60 %	0 %	40 %	0 %	532351367
56	NC_022108	AGA	2	6	3968	3973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351367
57	NC_022108	ATCC	2	8	4112	4119	25 %	25 %	0 %	50 %	532351367
58	NC_022108	GAA	2	6	4152	4157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351367
59	NC_022108	CGT	2	6	4284	4289	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351367
60	NC_022108	A	7	7	4328	4334	100 %	0 %	0 %	0 %	532351367
61	NC_022108	GTT	2	6	4335	4340	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532351367
62	NC_022108	GAAAA	2	10	4368	4377	80 %	0 %	20 %	0 %	532351367
63	NC_022108	A	7	7	4374	4380	100 %	0 %	0 %	0 %	532351367
64	NC_022108	TGA	2	6	4472	4477	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351367
65	NC_022108	AT	3	6	4514	4519	50 %	50 %	0 %	0 %	532351367
66	NC_022108	TTACA	2	10	4523	4532	40 %	40 %	0 %	20 %	532351367
67	NC_022108	TTG	2	6	4567	4572	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532351367
68	NC_022108	TTC	2	6	4708	4713	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532351367
69	NC_022108	TCT	2	6	4800	4805	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532351367
70	NC_022108	AGA	2	6	4820	4825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351367
71	NC_022108	GTT	2	6	4847	4852	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532351367
72	NC_022108	GACG	2	8	4859	4866	25 %	0 %	50 %	25 %	532351367
73	NC_022108	GGT	2	6	4895	4900	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532351367
74	NC_022108	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	532351367
75	NC_022108	TTGG	2	8	4962	4969	0 %	50 %	50 %	0 %	532351367
76	NC_022108	CTC	2	6	4999	5004	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532351367
77	NC_022108	AGC	2	6	5030	5035	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532351367
78	NC_022108	ATT	2	6	5147	5152	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532351368
79	NC_022108	TCT	2	6	5165	5170	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532351368
80	NC_022108	GCT	2	6	5211	5216	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351368
81	NC_022108	GTCTT	2	10	5217	5226	0 %	60 %	20 %	20 %	532351368
82	NC_022108	GAT	2	6	5246	5251	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351368
83	NC_022108	TC	3	6	5262	5267	0 %	50 %	0 %	50 %	532351368
84	NC_022108	GA	3	6	5273	5278	50 %	0 %	50 %	0 %	532351368
85	NC_022108	ACG	2	6	5284	5289	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532351368
86	NC_022108	GAA	2	6	5308	5313	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351368
87	NC_022108	TGGA	2	8	5321	5328	25 %	25 %	50 %	0 %	532351368
88	NC_022108	AT	3	6	5377	5382	50 %	50 %	0 %	0 %	532351368
89	NC_022108	AGA	3	9	5385	5393	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351368
90	NC_022108	GCT	2	6	5394	5399	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351368
91	NC_022108	AGA	2	6	5403	5408	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351368
92	NC_022108	TGG	2	6	5439	5444	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	532351368
93	NC_022108	AGA	3	9	5457	5465	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351368
94	NC_022108	GGA	2	6	5466	5471	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532351368
95	NC_022108	TG	3	6	5530	5535	0 %	50 %	50 %	0 %	532351368
96	NC_022108	T	6	6	5608	5613	0 %	100 %	0 %	0 %	532351368
97	NC_022108	TCA	2	6	5651	5656	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532351368
98	NC_022108	GGA	2	6	5688	5693	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532351368
99	NC_022108	CTTT	2	8	5698	5705	0 %	75 %	0 %	25 %	532351368
100	NC_022108	CTT	2	6	5748	5753	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532351368
101	NC_022108	CTG	2	6	5754	5759	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351368
102	NC_022108	CAG	2	6	5909	5914	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532351368
103	NC_022108	AG	3	6	5938	5943	50 %	0 %	50 %	0 %	532351368
104	NC_022108	GCA	2	6	5947	5952	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532351368
105	NC_022108	GGGA	2	8	6213	6220	25 %	0 %	75 %	0 %	532351368
106	NC_022108	AG	3	6	6412	6417	50 %	0 %	50 %	0 %	532351369
107	NC_022108	AGG	2	6	6438	6443	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532351369
108	NC_022108	GAA	2	6	6482	6487	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351369
109	NC_022108	GGTG	2	8	6516	6523	0 %	25 %	75 %	0 %	532351369
110	NC_022108	AAAT	2	8	6582	6589	75 %	25 %	0 %	0 %	532351369
111	NC_022108	GCA	2	6	6746	6751	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532351369
112	NC_022108	AAG	2	6	6787	6792	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351369
113	NC_022108	TGC	2	6	6820	6825	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351369
114	NC_022108	ATTT	2	8	7094	7101	25 %	75 %	0 %	0 %	532352196
115	NC_022108	TTA	2	6	7152	7157	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532352196
116	NC_022108	ATTT	2	8	7185	7192	25 %	75 %	0 %	0 %	532352196
117	NC_022108	GAA	2	6	7201	7206	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532352196
118	NC_022108	TCG	2	6	7314	7319	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351370
119	NC_022108	TCC	2	6	7357	7362	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	532351370
120	NC_022108	GTT	2	6	7465	7470	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532351370
121	NC_022108	AC	3	6	7647	7652	50 %	0 %	0 %	50 %	532351370
122	NC_022108	T	6	6	7683	7688	0 %	100 %	0 %	0 %	532351370
123	NC_022108	TGGTA	2	10	7690	7699	20 %	40 %	40 %	0 %	532351370
124	NC_022108	AAGC	2	8	7820	7827	50 %	0 %	25 %	25 %	532351370
125	NC_022108	TTA	2	6	7835	7840	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532351370
126	NC_022108	A	6	6	7967	7972	100 %	0 %	0 %	0 %	532351370
127	NC_022108	T	6	6	8052	8057	0 %	100 %	0 %	0 %	532351370
128	NC_022108	TTC	2	6	8158	8163	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532351370
129	NC_022108	ATTG	2	8	8218	8225	25 %	50 %	25 %	0 %	532351371
130	NC_022108	GAA	2	6	8302	8307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351371
131	NC_022108	AG	3	6	8390	8395	50 %	0 %	50 %	0 %	532351371
132	NC_022108	ACC	2	6	8430	8435	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	532351371
133	NC_022108	CTT	2	6	8483	8488	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532351371
134	NC_022108	CT	4	8	8509	8516	0 %	50 %	0 %	50 %	532351371
135	NC_022108	GAG	2	6	8563	8568	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	532351371
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146	NC_022108	TAC	2	6	8954	8959	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532351371
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148	NC_022108	CTTT	2	8	9046	9053	0 %	75 %	0 %	25 %	532351371
149	NC_022108	GTT	2	6	9058	9063	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532351371
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157	NC_022108	A	6	6	9560	9565	100 %	0 %	0 %	0 %	532351372
158	NC_022108	T	6	6	9574	9579	0 %	100 %	0 %	0 %	532351372
159	NC_022108	ATGG	2	8	9584	9591	25 %	25 %	50 %	0 %	532351372
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163	NC_022108	TCG	2	6	9750	9755	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351372
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267	NC_022108	ATT	2	6	14853	14858	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532351376
268	NC_022108	TTA	2	6	14868	14873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532351376
269	NC_022108	CTT	2	6	14889	14894	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532351376
270	NC_022108	TGT	2	6	14991	14996	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532351377
271	NC_022108	GATTT	2	10	15047	15056	20 %	60 %	20 %	0 %	532351377
272	NC_022108	TTTC	2	8	15076	15083	0 %	75 %	0 %	25 %	532351377
273	NC_022108	TCA	2	6	15158	15163	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	532351377
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276	NC_022108	TAT	2	6	15464	15469	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532351377
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280	NC_022108	TTA	2	6	15703	15708	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	532351377
281	NC_022108	GTA	2	6	15712	15717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	532351377
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386	NC_022108	CT	4	8	21914	21921	0 %	50 %	0 %	50 %	532351382
387	NC_022108	GAC	2	6	22026	22031	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	532351382
388	NC_022108	TTTGC	2	10	22050	22059	0 %	60 %	20 %	20 %	532351382
389	NC_022108	TCT	2	6	22076	22081	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532351382
390	NC_022108	AT	3	6	22184	22189	50 %	50 %	0 %	0 %	532351382
391	NC_022108	TTG	2	6	22270	22275	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	532351382
392	NC_022108	TTC	2	6	22339	22344	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	532351382
393	NC_022108	T	6	6	22416	22421	0 %	100 %	0 %	0 %	532351382
394	NC_022108	AT	3	6	22508	22513	50 %	50 %	0 %	0 %	532351382
395	NC_022108	CTG	2	6	22519	22524	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351382
396	NC_022108	TCG	2	6	22538	22543	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	532351382
397	NC_022108	GAA	2	6	22547	22552	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	532351382
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